Как грамотно прописать в протоколе разногласий поставщику,что заказчик хочет проверять двигатель без второго транша?

Протокол разногласий может быть в любой форме. берите форму договора которую они вам предлагают и добавляйте или убирайте пункты, делайте договор таким как вам удобно, в сопроводиловке поясняете какой пункт убрали или добавили. это и будет договор с вашими условиями, если вторая сторона против них или хочет согласовать то просит аудиенции или снова продолжает согласовывать с вами удаленно.